El Comillas Club de Fútbol, nace en el año 2006, como Club paralelo a la A.D. Loyola, ya que el Colegio Sagrado Corazón hace obras en el  campo de fútbol para construir un polideportivo. En este momento todos los equipos pertenecientes a la A.D. Loyola tienen que salir a jugar a campos municipales. Previendo que esto pudiera ocasionar problemas en un futuro para la organización de la actividad, se crea el Comillas Club de Fútbol.

La Junta Directiva que está en ese momento decide llamar al Club, Comillas, en relación a la Universidad Pontificia de Comillas perteneciente a los Jesuitas. La Temporada 06/07 se inicia con los siguientes equipos, un Equipo Regional y un Juvenil Territorial, formado en su mayoría por jugadores cadetes nacidos en el año 1991, este equipo asciende a Juvenil Nacional.

En la Temporada 07/08 el Club lo forman los equipos, Regional, Juvenil Nacional, Segunda Cadete, así como 7 equipos de fútbol Sala. Esta temporada el Regional se queda Campeón, no pudiendo ascender por la filialidad con el Logroñés C.F.

En la Temporada 08/09, Club y Colegio deciden separarse, siguiendo caminos paralelos,  estableciendo un acuerdo para colaborar en los equipos pertenecientes a la A.D. Loyola. En la Temporada 08/09 el Comillas cuenta con 10 equipos, 5 de fútbol 11 y 5 de fútbol 7, con idea de seguir creciendo despacio pero con paso firme, recogiendo el testigo de la historia del Loyola.

Los componentes del Comillas han estado muchos años trabajando en la  A.D. Loyola por lo que su filosofía y forma de trabajo es acorde con la idea del Loyola. En definitiva, el Comillas Club de Fútbol es la continuación del trabajo realizado por tantas personas desde el año 1962 en el que comenzó el Loyola y seguirá siendo siendo siempre la referencia viva del Loyola.